两年分居离婚申请的方式：若双方能协议离婚的，可订立离婚协议，并共同向婚姻登记机关提出离婚登记申请，经过三十天冷静期，即可领取离婚证。若夫妻不能协议离婚的，可提供相关证据证明双方感情破裂，向起诉离婚，经调解无效，且确认感情破裂的，应准予离婚。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
