分居协议书可以进行公证的。根据相关法律规定，合同、继承、委托等事项，可以依法办理公证手续，且经公证的协议，应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻该项公证的除外。
分居协议是否必须分居
签订了分居协议，只要内容真实合法，就是有效的，如果协议有约定必须分居，那么夫妻之间应当按照协议的内容履行分居的约定，如果不履行的，夫妻分居事实不存在，不能以分居为理由向人民提起诉讼离婚。
法律依据：
《中华人民共和国公证法》第十一条 根据自然人、法人或者其他组织的申请，公证机构办理下列公证事项：
(一)合同;
(二)继承;
(三)委托、声明、赠与、遗嘱;
(四)财产分割;
(五)招标投标、拍卖;
(六)婚姻状况、亲属关系、收养关系;
(七)出生、生存、死亡、身份、经历、学历、学位、职务、职称、有无违法犯罪记录;
(八)公司章程;
(九)保全证据;
(十)文书上的签名、印鉴、日期，文书的副本、影印本与原本相符;
(十一)自然人、法人或者其他组织自愿申请办理的其他公证事项。
法律、行规规定应当公证的事项，有关自然人、法人或者其他组织应当向公证机构申请办理公证。 该内容由 杨振军律师 和 律说律答 共创回答
