侵占农民耕地按以下方式处理：
1、与直接侵权人协商处理，要求停止侵权行为；
2、找当地村委会，派出所进行调解处理；
3、收集侵权的证据，然后去起诉，要求停止侵权，排除妨碍；
4、单位之间的争议，由县级以上处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
综上所述，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由处理。
【法律依据】：
《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条
县级以上自然资源主管部门应当加强信息化建设，建立统一的国土空间基础信息平台，实行土地管理全流程信息化管理，对土地利用状况进行动态监测，与发展改革、住房和城乡建设等有关部门建立土地管理信息共享机制，依法公开土地管理信息。
