建设单位如何应诉工程款纠纷：1、应在收到起诉状后十五日内向人民提交答辩状及副本。如需要提出反诉的，可在答辩状中写明。2、应做好出庭参加诉讼的各种准备（比如收集整据），并依照人民的传唤，按时参加庭审。以上都可以委托律师作为诉讼代理人代劳。风险提示：从规避法律风险的角度而言，通过诉讼的方式来追讨欠款，仍然是工程欠款追讨的最佳方式。即便在诉讼的过程中，也可以通过由法官作为中间人，做欠款人的工作，同时被欠款人也作出一定程度的让步，在这种情况下，欠款双方很容易达成和解，然后签署和解协议。在一方不履行和解协议时，直接向申请强制执行该协议即可。
法律依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十
