首先，应分清丢失的责任，如是销售方的责任，应接受税务机关作出的未按规定保管的处罚，如是购买方的责任，要求对方出具丢失的说明或主管税务机关对其未按规定保管行为的处罚证明，然后分下列情况处理：
销售方丢失专用的：
(1)丢失的空白未开具的专用的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、机关报失，接受税务机关处罚;其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用的纳税人名称、份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传(寄)中国税务报社刊登“遗失声明”。
(2)销售方丢失已开具专用的联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失专用已报税证明单》，并把该证明和丢失的记账联复印件交购买方抵扣。
(3)销售方丢失已开具专用的抵扣联、联其中一联(两联没有全部丢失)的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记帐，复印件留存备查。
购货方丢失专用的：
(1)如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证;
(2)如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失专用已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为进项税额的抵扣凭证。
【法律依据】
《中华人民共和国管理办法实施细则》第三十一条规定，使用的单位和个人应当妥善保管。发生丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
