个人所得税申报的工资薪金所得，一般是应发工资，即扣除个人承担的社保、扣缴的个税以及其他扣除费用之前的工资。而实发工资是指实际到手的工资，是税后工资，实发工资在应发工资的基础上扣除了个人承担的社保部分，个人预缴的个税，如果企业有企业年金、职业年金的，还要扣除个人承担的企业年金职业年金部分等扣除费用。所以，本身个人所得税工资和实发工资的基数就不一致。
企业报销的员工出差差旅费（实报实销），比如飞机票火车票等不属于员工所得，无需申报个税；企业发放的符合规定标准的独生子女补贴、托儿补助费、误餐补助等不属于员工工资、薪金所得项目的收入，不征收个税。由于存在这些项目，使得申报的工资薪金所得和员工自己测算的税前工资不一致。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）偶然所得。
