一、个税系统减员如何操作：
1、进入到自然人税收管理系统的主界面—找到左边一栏的功能菜单，点击人员信息采集
2、在人员信息采集这一选项里里，用户不单单可以看到已经添加的人员信息，还可以对人员信息进行相应修改和删除的操作。
3、对想要删除的人员进行选中—找到右上方更多操作这一选项—点击删除按钮
4、弹出确信信息的窗口提示—点击确认按钮，完成个税系统减员操作。
二、个税申报系统减员信息该如何修改：
如果人数较少的情况下，企业需对申报人员信息进行删除，这时候在系统人员信息名单中，将其状态改为非正常就可以了。 但如果企业人员成百上千的情况下，这时候如果按照上述操作，则需花费大量时间、精力。所以，我们先把系统中所有人员改为非正常的状态，接着对所有当期需要申报的人员信息进行导入，最后进行正常申报的操作即可。也就是对个税申报系统减员信息进行修改，具体操作步骤如下所示：
1、首先打开人员信息采集表，其次选择全部人员，最后点击更多操作中的批量修改。
2、待修改属性选择人员状态，接着把人员状态改为非正常，输入相应的离职日期。
3、输入离职日期后，点击修改按钮。对新的人员信息表重新进行上传。假设新的人员信息及旧的人员信息出现重复的情况，那么新的人员信息将会对旧的人员信息进行覆盖。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》第十条有下列情形之一的，纳税人应当依法办理纳税申报：
（一）取得综合所得需要办理汇算清缴；
（二）取得应税所得没有扣缴义务人；
（三）取得应税所得，扣缴义务人未扣缴税款；
（四）取得境外所得；
（五）因移居境外注销中国户籍；
（六）非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得；
（七）规定的其他情形。
扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报，并向纳税人提供其个人所得和已扣缴税款等信息。
