处理商铺出租转让纠纷的方式是：可以通过和解、调解、仲裁、诉讼四种方式加以解决。首先应按平等互利的原则私下进行和解，和解不成可请第三方加以协商解决；协商不成时，根据合同规定或者当事人之间的协议，由指定机构进行仲裁；如仍未解决，可向人民提起诉讼，依法保护自己的合法权益。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《民法典》第七百一十六条
承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。承租人转租的，承租人与出租人之间的租赁合同继续有效；第三人造成租赁物损失的，承租人应当赔偿损失。承租人未经出租人同意转租的，出租人可以解除合同。
