个人所得税申报方式一般为单位扣缴义务人申报和综合所得年度自行申报。
两种方式都可以可以使用手机APP填报专项附加扣除信息，并选择申报方式。
1、通过扣缴义务人申报：是向单位申报个人信息，每个月税务机关会把专项附加扣除相关信息全量推送至单位，单位可以从代扣缴软件获取员工已经报送的专项附加扣除信息，并从中计算出员工应预扣预缴的税款，再向税务机关办理全员全额纳税申报。
2、综合所得年度自行申报：直接向税务机关申报，即每个月单位发放工资时正常扣税，然后由纳税人自己在第二年去税务机关办理汇算清缴，并将有关信息提供给税务机关，让税务机关办理退税。
年度汇算的三种方式：自己申报、单位申报、请人申报。
一是自己申报，即纳税人自行办理。
纳税人可以自行办理年度汇算，通过手机App申报。
二是单位申报，即请任职受雇单位办理。
由于任职受雇单位对纳税人的涉税信息掌握的比较全面、准确，与纳税人联系也比较紧密，有利于更好地帮助纳税人办理年度汇算，规定纳税人可以通过任职受雇单位代办年度汇算。
任职受雇单位除支付工资薪金的单位外，还包括按累计预扣法预扣预缴劳务报酬所得个人所得税的单位，主要是保险营销员、证券经纪人或正在接受全日制学历教育的实习生等情形。
如纳税人向单位提出代办要求的，单位应当办理，或者培训、辅导纳税人通过自然人电子税务局自行完成年度汇算申报和退（补）税。
需要注意的是，纳税人选择由单位代办年度汇算的，需在年度汇算期内（4月30日前）与单位进行确认。
为维护纳税人合法权益，规定在纳税人确认前，单位不得为纳税人代办年度汇算。完成确认后，纳税人需要将除本单位以外的纳税年度内全部综合所得收入、扣除、享受税收优惠等信息资料如实提供给单位，并对信息的真实性、准确性、完整性负责。
三是请人申报，即委托涉税专业服务机构或其他单位及个人办理。
纳税人可根据自己的情况和条件，自主委托涉税专业服务机构或其他单位、个人（以下称受托人）办理年度汇算。选择这种方式，受托人需与纳税人签订委托授权书，明确双方的权利、责任和义务。
单位或者受托人代为办理年度汇算后，应当及时将办理情况告知纳税人。纳税人如果发现年度汇算申报信息存在错误，可以要求其代办或自行办理更正申报。
法律依据：
《关于印发个人所得税专项附加扣除暂行办法的通知》
第二十五条纳税人首次享受专项附加扣除，应当将专项附加扣者税务机关；扣缴义务人应当及时将相关信息报送税务机关，纳税人对所提交信息的真实性、准确性、完整性负责。专项附加扣除信息发生变化的，纳者税务机关提供相关信息。前款所称专项附加扣除相关信息，包括纳税人本人、配偶、子女、被赡养人等个人身份信息，以及税务主管部门规定的其他与专项本办法规定纳税人需要留存备查的相关资料应当留存五年。
