企业给员工发工资扣税的方法如下：
1、分摊到所属月份扣税；
2、关于关于补发工资个人所得税问题，国家税务总局在这方面没有明确规定，根据《个人所得税法》的规定，个人应于取得所得时缴纳个人所得税，因此，所在单位补发工资，应于补缴当月缴纳个人所得税；
3、各地有具体规定，按照各地的规定，补发的工资，应当分摊到所属月份与原工资合并计算扣缴个人所得税；
4、计算公式为：所属月份补发工资应纳税额=（所属月份补发工资+原所属月份的工资薪金所得）--个人应纳的五险一金--费用减除额X适用税率-速算扣除数--原所属月份已缴纳的个人所得税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
