慢性疾病证明办理流程如下：
1、提供上述材料；
2、市医保局和各区分局经办窗口对慢病人员申报的材料进行初审；
3、市医保局统一组织对慢性病申报材料进行核实；
4、市医保局按参检病种进行分类，并联系体检医院；
5、市医保局和各区分局对管辖范围慢病人员进行参加体检通知；
6、参加慢病体检人员要按照市或区医保局通知时间，准时指定医院参加体检；
7、市医保局组织专家进行慢性病认定；
8、市医保局对经专家认定合格的慢病人员，将认定级别和病种等相关信息录入系统，生成慢病卡号。并制作慢性病卡；
9、市医保局和各区医保分局对认定上的慢病人员进行公示，发放慢性病卡，慢性病人员购买慢性病处方本。
办理慢性病需要的材料有：
1、县级以上（含县级）公立医疗机构出具的相关病历；
2、疾病诊断证明书；
3、出院记录；
4、检查治疗报告单；
5、近期一寸照片等申报材料。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
