门诊慢特病病种待遇认定申请流程：
1、申请
申请人向省、市、县（市、区）医疗保障经办机构现场提交申请材料，或通过掌上、网上申请；
2、 受理、审核
省、市、县（市、区）医疗保障经办机构收到材料后在承诺实现内完成受理、审核工作；
3、 办结
省、市、县（市、区）医疗保障经办机构作出基本医疗保险参保人员享受门诊慢特病病种待遇认定的决定，现场或网上或掌上向申请人反馈办事结果，并在业务系统内登记。
申请条件：
患各类恶性肿瘤、系统性红斑狼疮、血友病、再生障碍性贫血、儿童孤独症、精神症、情感性精神病及慢性肾功能衰竭透析治疗和器官移植后抗排异治疗的参保人员，或符合参保统筹区基本医疗保险规定的其他疾病参保人员。
综上所述，患有慢性病的参保人员在具有认定资质的定点医疗机构开具《门诊慢特病病种待遇认定申请单》，附上有关病历资料，经医保服务站、医保经办机构登记备案后生效，部分定点医疗机构也可在院内直接办理，具体可咨询医保服务站。一般情况下，办理门诊慢特病病种待遇认定后，长期有效，无需每年申请。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
