公司扣绩效工资可以申请劳动仲裁。劳动者和用人单位建立劳动关系，用人单位不得非法对劳动者进行罚款，用人单位非法克扣劳动者的工资属于违法行为，企业以罚款来扣绩效工资是不合法的。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解。不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民提起诉讼。法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：（1）用人单位代扣代缴的个人所得税；（2）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；（3）判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；（4）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
