公司申请破产员工工资由公司的破产财产进行清偿。
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依下列顺序清偿：
1、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行规规定应当支付给职工的补偿金；
2、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
3、普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
人民受理破产申请后发生的下列费用，为破产费用：
1、破产案件的诉讼费用；
2、管理、变价和分配债务人财产的费用；
3、管理人执行职务的费用、报酬和聘用工作人员的费用；
人民受理破产申请后发生的下列债务，为共益债务：
1、因管理人或者债务人请求对方当事人履行双方均未履行完毕的合同所产生的债务；
2、债务人财产受无因管理所产生的债务；
3、因债务人不当得利所产生的债务；
4、为债务人继续营业而应支付的劳动报酬和社会保险费用以及由此产生的其他债务；
5、管理人或者相关人员执行职务致人损害所产生的债务；
6、债务人财产致人损害所产生的债务。
法律依据：《中华人民共和国企业破产法》
第 向人民提出破产申请，应当提交破产申请书和有关证据。
破产申请书应当载明下列事项：
（一）申请人、被申请人的基本情况；
（二）申请目的；
（三）申请的事实和理由；
（四）人民认为应当载明的其他事项。
债务人提出申请的，还应当向人民提交财产状况说明、债务清册、债权清册、有关财务会计报告、职工安置预案以及职工工资的支付和社会保险费用的缴纳情况。
