法律分析：职务侵占罪属于公诉案件，应当经机关侦查、人民审查起诉、人民审判后决定是否追究刑事责任。因不属于自诉案件，即使刑事立案后款项已归还并且公司也出具了谅解书不予追究法律责任，也不能影响司法机关按法定程序追究的行为。当然也不排除机关、人民或者人民根据案情并依据刑法等规定作出撤销案件、不起诉或者不予追究刑事责任的决定或判决等。但这不等同于被害人的谅解不予追究责任的概念。
法律依据：《中华人民共和国刑法》 第二百七十一条 公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
