依据相关法律的规章，公司倒闭员工赔偿款不足的，企业可以进行破产清算，清偿了破产费用和共同债务后有剩余财产的对员工进行赔偿。
法律依据：
《中华人民共和国企业破产法》
第二条 企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，依照本法规章清理债务。
企业法人有前款规章情形，或者有明显丧失清偿能力可能的，可以依照本法规章进行重整。
第一百一十三条 破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
(一) 破产人所欠职工的薪资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行规规章应当支付给职工的补偿金
(二) 破产人欠缴的除前项规章以外的社会保险费用和破产人所欠税款
(三) 普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的薪资按照该企业职工的平均薪资计算。
