3%
小规模运输公司税率具体如下：
1、货物运输专用一般纳税人只能开11%的；如果是小规模纳税人，则需要到税局代开，征收率为3%。
2、从事物流行业的企业，除货物运输业务外，还可以有辅助服务，该项业务税率为6%，但开出的不是货物运输专用，而是常见的专用。
运输票面金额除以1+11%后的值，再乘以11%计算出运输税额。
所以，税额的计算公式=票面金额/（1+11%）*11%
3、如果是小规模纳税人，则按3%征收率计算，计算方式原理同一般纳税人。
小规模纳税人与一般纳税人在上的主要区别是，其货物运输业专用不能自己开具，需要到税局申请代开。
税率的相关规定：
1、基本税率
纳税人销售或者进口货物，税率均为13%，提供加工、修理修配劳务的，税率也为13%，这一税率就是通常所说的基本税率。
2、低税率
纳税人销售或者进口下列货物的，税率为9%。这一税率即是通常所说的低税率。
（1）粮食、食用植物油。
（2）自来水、暖气、冷水、热水；煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品。
（3）图书、报纸、杂志。
（4）饲料、化肥、农药、农机、农膜。
（5）农业产品。
（6）金属矿采选产品。
（7）非金属矿采选产品。
（8）音像制品和电子出版物（自2007年1月1日起）。
（9）二甲醚(自2008年7月1日起)、盐(自2007年9月1日起)。
（10）规定的其他货物。
3、零税率
纳税人出口货物，税率为零。但是另有规定的除外。
4、其他规定
（1）纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务的，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额。未分别核算销售额的，从高适用税率。
（2）纳税人销售不同税率货物或应税劳务，并兼营应属一并征收的非应税劳务的，其非应税劳务应从高适用税率。
法律依据
《营业税改征试点实施办法》
第十二条 税率：
（一）提供有形动产租赁服务，税率为17%。
（二）提供交通运输业服务、邮政业服务，税率为11%。
（三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
（四）财政部和国家税务总局规定的应税服务，税率为零。
