如果超休是以请假体现的，只能扣当天的工资。如果是无请假视同旷工，需要扣除当天工资的3倍，也就是当天没有工资，额外加扣2倍工资。
请假公司不批准算旷工，怎么处理？
请假公司不批准算旷工可以向当地有管辖权的劳动部门反映。去劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，也可以去劳动监察大队投诉。所有请假需以书面形式上交给文员，三天以上的假期需填写一式四联的休假申请单交排班主管并由经理签名后方才生效，凡请假员工，假期未满上班或超假必须到部门办理销假或续假手续。未办理销假手续者假期内上班不计工资，超假但未办理续假手续者以旷工论。旷工应当具备以下三个条件：
1、没有按照用人单位规定提供劳动；
2、没有正当理由；
3、没有经过用人单位同意。
旷工一天能扣三天的工资吗？
劳动法没有旷工一天扣多少工资的规定，按现行做法，旷工当天，用人单位可以不支付工资，除了给用人单位造成了经济损失外，不得额外扣工资的。劳动者如果被扣工资了，可以向劳动监察部门投诉要求加付赔偿金或劳动仲裁要求支付工资并赔偿损失和支付经济补偿金。
回答涉及到的法律依据：
《职工带薪休假条例》
第三条
职工累计工作已满1年不满10年的,年休假5天;已满10年不满20年的,年休假10天;已满20年的,年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
