工程预付款的支付流程：
1、分段结算，对于当年开工但当年不能竣工的项目，按照其工程形象进度划分不同阶段进行结算；
2、竣工后一次结算，规模较小的项目，竣工后一次结算的方式；
3、按月结算，即每个月结算一次；
4、双方约定的其他的结算方式。
【法律依据】
《建设工程价款结算暂行办法》第十四条
工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。
（一）工程竣工结算方式
工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。
（二）工程竣工结算编审
（三）工程竣工结算审查期限
（四）工程竣工价款结算
（五）索赔价款结算
（六）合同以外零星项目工程价款结算。
