法律分析：被告人质疑公诉人程序违法，可以通过提出申辩来维护自身权利。申辩是被告人在刑事诉讼中为维护自身权利而提出的一种合法请求。被告人可以提出多种申辩，如证据排除申辩、非法证据排除申辩、起诉不当申辩等。在刑事诉讼中，被告人提出申辩，应当进行审查，如果符合法律规定和实际情况，应当予以采纳。
法律依据：
1. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十五条规定：“被告人在诉讼过程中有权对起诉书、证据和其他诉讼材料提出申辩。”
2. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百四十六条规定：“应当对被告人的申辩进行审查，符合法律规定和实际情况的，应当予以采纳。”
3. 《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百五十二条规定：“被告人有权在审理过程中申请排除非法证据，并有权对认为有疑义的证据提出质证或者鉴定要求。”
