法律分析：根据法律的规定，一般机关在处理行政或刑事案件时，对于需要鉴定的，费用都由机关承担。对于处理您的案件机关的行为，应当是违法的，您可以向上级机关进行举报、投诉要求其退还鉴定费用。
若已构成刑事案件，鉴定费用更应当是由机关承担，因为该为机关搜集证据的侦查程序，不应当叫犯罪嫌疑人或者受害人承担。
法律依据：《机关办理行政案件程序规定》 第九十七条 办案人民应当对鉴定意见进行审查。
对经审查作为证据使用的鉴定意见，机关应当在收到鉴定意见之日起五日内将鉴定意见复印件送达违法嫌疑人和被侵害人。
医疗机构出具的诊断证明作为机关认定人身伤害程度的依据的，应当将诊断证明结论书面告知违法嫌疑人和被侵害人。
违法嫌疑人或者被侵害人对鉴定意见有异议的，可以在收到鉴定意见复印件之日起三日内提出重新鉴定的申请，经县级以上机关批准后，进行重新鉴定。同一行政案件的同一事项重新鉴定以一次为限。
当事人是否申请重新鉴定，不影响案件的正常办理。
机关认为必要时，也可以直接决定重新鉴定。
