公司保护自己商业秘密的方法如下：
(1)与知悉商业秘密的劳动者签订保密协议和竞业禁止协议；
(2)商业秘密拆分保护。即每人掌握一部分，组合拼接才能使用；
(3)其他保护商业秘密的办法。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第五百零一条
当事人在订立合同过程中知悉的商业秘密或者其他应当保密的信息，无论合同是否成立，不得泄露或者不正当地使用；泄露、不正当地使用该商业秘密或者信息，造成对方损失的，应当承担赔偿责任。
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