法律分析：工程自然灾害造成的损失由谁承担根据具体情况而定。法律规定对于因不可抗力无法履行合同的，可以免除部分或者全部责任。在不可抗力导致合同不能履行时，应及时告知对方。如果受害人对于损害的发生也有过错的，可以适当减轻侵害人的民事责任。而当事人对造成损害都没有过错的，可以根据实际情况，由当事人分担民事责任。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第五百九十条 当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任，但是法律另有规定的除外。因不可抗力不能履行合同的，应当及时通知对方，以减轻可能给对方造成的损失，并应当在合理期限内提供证明。
当事人迟延履行后发生不可抗力的，不免除其违约责任。
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