农田灌溉项目归哪个部门管

法律分析：农田灌溉项目一般是归水行政主管部门进行管理。

法律依据：《水利工程管理改革实施意见》三、水管改革的主要内容和措施

(一)明确权责，规范管理。

水行政主管部门对各类水利工程负有行业管理责任，负责监督检查水利工程的管理养护和安全运行，对其直接管理的水利工程负有监督资金使用和资产管理责任。对国民经济有重大影响的水资源综合利用及跨流域(指全国七大流域)引水等水利工程，原则上由水行政主管部门负责管理；一个流域内，跨省(自治区、直辖市)的骨干水利工程原则上由流域机构负责管理；一省(自治区、直辖市)内，跨行政区划的水利工程原则上由上一级水行政主管部门负责管理；同一行政区划内的水利工程，由当地水行政主管部门负责管理。各级水行政主管部门要按照政企分开、政事分开的原则，转变职能，改善管理方式，提高管理水平。

水管单位具体负责水利工程的管理、运行和维护，保证工程安全和发挥效益。

水行政主管部门管理的水利工程出现安全事故的，要依法追究水行政主管部门、水管单位和当地负责人的责任；其他单位管理的水利工程出现安全事故的，要依法追究业主责任和水行政主管部门的行业管理责任。