该学院有南岗校区和松北校区，南岗校区位于黑龙江省哈尔滨市南岗区哈双路348号，松北校区位于哈尔滨利民经济技术开发区群英街。黑龙江农业工程职业学院始建于1948年，是一所立足龙江、服务面向现代农业全产业链的中国特色高水平职业院校。学院现有南岗、松北2个校区和海伦、齐齐哈尔、北安、哈尔滨道里区榆树4个基地及1个农业装备技术示范园。有大学生创新创业孵化基地1个，财政支持的建设项目10个、省财政支持的职教实训基地6个。拥有特有工种职业技能鉴定站（047站）、国家技能鉴定所等高标准技能考核鉴定基地3个，既能充分满足各层次学生专业实习实训需求，又能面向社会广泛开展鉴定培训服务。
