上级职能部门与下级职能部门之间的关系，一般为领导关系和指导关系。
一种是领导关系，即上下级行政机关之间的命令与服从关系。在领导关系中，上级行政机关享有命令、指挥和监督等项权力，有权对下级机关违法或不当的决定等行为予以改变或撤销。下级行政机关有服从、执行上级行政机关决定、命令的义务，不得违背或拒绝，否则就要承担一定的法律后果。比如，海关、金融、国税、等，上下级只能部门之间是领导与被领导的关系。上下级行政机关之间的领导关系具体又有垂直领导关系和双重领导关系两种类型。垂直领导关系中的行政机关，一般只直接接受某个上级行政机关的领导，如地方海关只接受海关总署领导。双重领导关系中的行政机关则要同时接受两个上级行政机关的直接领导，如地方各级机关既要接受上级机关的领导，又要接受本级的领导。
另一种是指导关系，即上下级行政机关之间的一种行业或业务上的指导与监督关系。在指导关系中，上级主管部门享有业务上的指导权和监督权，但没有对下级行政机关的直接命令、指挥权。绝大多数部门上下级之间，均是这种关系。比如人事劳动社保、卫生、发改等等。
